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【中国科学报】《基因组蛋白质组与生物信息学报》:聚焦组学“三国” 演绎一流期刊

2021-01-05 中国科学报 冯丽妃
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  从编委到现任执行副主编,美国费城儿童医院和宾夕法尼亚大学教授邢毅与《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics,以下简称GPB)期刊结缘已近10年。前些年,该刊编辑部不时找他约稿,以解“缺米之炊”。“现在我们也会找人约稿,但跟以前已经完全不一样了。”邢毅对《中国科学报》说。

  从2003年创刊至今,GPB从季刊变为双月刊,加入开放获取行列,终于被科学引文索引扩展版(SCIE)收录,并连续3年位于“遗传学与遗传性”学科领域前10%。在此过程中,它吸引的国内外投稿数量逐年递增,如今录用率低于10%。

  “我对这本期刊专业化的稿件处理印象深刻。该刊由领域内一群热情的、杰出的科研工作者运行,在组学和生物信息学研究领域的出版获得了国际认可。” 诺贝尔奖得主、担任GPB编委的托马斯·林达尔曾如此评价。

  在GPB创刊人兼主编、中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)(以下简称基因组所)研究员于军看来,如果没有始终如一的坚持,GPB就不会有今天的局面,甚至可能难以生存下来。“我们必须头脑清醒,GPB始终面临着与全球杂志竞争创新性研究成果的局面。我们要赢过竞争者,就必须把好质量关。”他说。

  聚焦“三国”创新刊

  世纪之交,在人类基因组计划的带动下,基因组测序全球风靡。借着这股“东风”,GPB诞生了。

  这并不容易。创建一本期刊,从学科发展到基础支撑再到人才到位,“天时、地利、人和”缺一不可。

  上世纪90年代启动的人类基因组计划是生物技术发展的里程碑,也为我国基因组学的发展和人才的集聚提供了前所未有的机遇。1998年,于军和杨焕明、汪建等科学家抓住这一窗口,回国加盟原中国科学院遗传研究所,创建了人类基因组研究中心,并承担了人类基因组计划1%的测序任务,使我国成为唯一一个参与该计划的发展中国家。

  2003年,历时13年、耗资近10亿美元的人类基因组计划宣告完成,它开启了诸多前所未有的新学科分支(基因组学、蛋白质组学、生物信息学等)。同年,基于人类基因组研究中心组建的基因组所筹备成立。这为GPB的落地提供了科学和现实的土壤。

  这一时期,在中国科学院知识创新工程的背景下,原中国科学院发育生物学研究所经合并成为今天中国科学院遗传与发育生物学研究所的一部分。依托原发育生物学所的《发育与生殖生物学报》经过变更,主办单位改为基因组所和中国遗传学会,报道内容转而聚焦基因组学、蛋白质组学和生物信息学三个方向。由此,GPB应运而生。

  “GPB最重要的目标是促进基因组信息转化为生物学知识,这是一个让科学发现被科学家和公众理解和接受的过程。我们希望这本期刊提供一个促进这一进程的工具。”在创刊社论“‘三国’演义”中,于军等人这样写道。

  正如他们所期待的那样,这个聚焦生物学三个“小王国”的期刊吸引了包括诺贝尔奖得主、院士、业内先锋人物在内的“大咖”投稿或担任编委,成为推进我国相关领域国际学术交流的重要平台。从2003年应对非典型肺炎到2020年迅速对新冠肺炎作出反应,它记录和反映了中国生物技术研究的成长历程。

  它还见证了近20年来“基因组时代”的大踏步前进。从单碱基到单细胞、单分子,基因测序技术呈跳跃式发展;从代谢组学、转录组学到免疫组学、RNA组学……生命科学的“组学”边界不断拓展;个人基因组测序提高医疗服务的轮廓也变得越来越清晰,基因组学的发展进入精准医学时代。

  如今,基因组学的发展仍在向新的方向“演义”。在于军看来,人类基因组计划衍生出的日益增加的各类组学,正应了“合久必分,分久必合”的“天下大势”。“在此背景下,GPB大有可为。”他说。

  专业人办专业刊

  过去10年,GPB经历了脱胎换骨式的迅猛生长。在主办单位的大力支持下,期刊转变运行模式, 抓住两个关键:科学家办刊和职业化的编辑队伍。

  “专家办刊,各做所长,这是GPB的一个特点。”该刊副主编、基因组所研究员杨运桂对《中国科学报》说,其优势之一是专家了解领域动态,能够为期刊选择适合的约稿对象。

  2008年,杨运桂受邀担任GPB编委,他一边邀请国内外领域内的大家加入期刊编委会,一边积极向熟悉的科学家约稿。2013年,为庆祝创刊10周年,杨运桂邀请导师林达尔在GPB发表了《通向DNA修复之路》一文。2015年,在林达尔获得诺贝尔奖之际,这篇文章得到了大量转载。

  “对于一本新刊来说,真正能提升影响力的还是约稿。比如邀请专业人士对一个新领域进行综述。”邢毅说。2014年,三代测序的兴起引起关注,他邀请当时在艾奥瓦大学工作的区健辉撰写了综述文章《PacBio测序及其应用》。目前该文在国际引文数据库Web of Science中的引用量超600次,是基本科学指标数据库(ESI)高被引论文之一。

  “我们的一个强项是不仅认识领域内的所有中国专家,也认识为数众多的国外专家,并且非常熟悉他们的学科传承和工作进展。只有深耕沃土,方得壮苗硕果。”于军说。GPB目前有12名副主编、83名编委,其中包括诺贝尔奖获得者、院士及多位ESI高引作者。正是立足于这样一个庞大的科学家队伍,近年来GPB的优秀文章不断增加。

  2011年,焦玉霞的加入让这本期刊的职业编辑队伍稳定下来。在此之前,该刊编辑部只有“一个半人”:一人全职但人员不稳定,还有“半个人”是兼职。“这种情况很难实现期刊编辑队伍的专业化。”于军说。

  加入GPB后,焦玉霞成了这本期刊的职业“经纪人”,多方位推进提升期刊的质量和显示度。她到岗后的第一件事就是招聘编辑,逐渐形成如今3个人的稳定团队。编辑队伍的稳定和专业化的办刊模式让期刊发展进入快车道——

  2012年, 期刊采用国际出版商爱思唯尔的后期生产流程,实现单篇文章的网上预发表。

  2013年,期刊试水开放获取出版。同年,刚过完10周岁生日的GPB获得一份影响深远的生日礼物——“中国科技期刊国际影响力提升计划”的择优资助, 这让期刊的发展如虎添翼。

  2017年,经国内外专家的推荐,该刊被SCIE收录。

  2018年,该刊获得首个影响因子(IF,6.615)。

  2019年,它得到科技部等七部门联合实施的“中国科技期刊卓越行动计划”资助(2019—2023)。

  2020年,其影响因子达到7.051,连续3年位于“遗传学与遗传性”学科领域前10%。

  “这两年,我们的原创文章比例明显增加,综述类文章的比例在下降,但我们的影响因子仍然比较稳定,这说明我们原创文章的质量在改善。”杨运桂说。

  培育“特色”促发展

  通过近20年的摸索,GPB形成一系列特色。

  近几年GPB的一个重要的发展点是服务我国组学数据库的建设。基因组时代的一个特征是海量数据的生成。2005年,美国、欧洲和日本建立了国际核酸序列数据库联盟,形成领域内数据存储和共享使用的标准,接收并存储全世界科学家提交的组学数据。

  在此背景下,为推广我国建立的数据库,GPB发表了一系列特色的数据库文章。如在2017年第一期的封面文章介绍了基因组所大数据中心(现国家基因组科学数据中心)开发的组学原始数据存储归档系统(GSA)。该平台的目的是立足中国、服务全球,收集、整合和归档国内外用户提交的原始序列数据;目前GSA存储的数据量已超过6.8PB。

  同时,GPB内外兼修,越来越注重封面设计。特别是从2018年起,该刊与专业设计团队合作推出了一系列“中国风”的封面,将科技元素融入中国古画,在给生物学知识注入艺术活力的同时,传播了中国文化。“学术期刊的封面不仅应该是一幅最好的广告,也应该是一件最佳的艺术品。”于军说。

  聚焦热门和前瞻领域的发展趋势出版专辑,也是GPB的一个特色。2012年至今,从微小RNA、诱导多能干细胞到精准医学和微生物组学,GPB已出版了20多个专辑。“专辑往往会邀请客座编辑主持,他们会向更多研究者介绍这本期刊,邀请大家投稿,增加期刊的影响力。”邢毅说。

  此外,GPB也一直致力于组织或参与专题性的学术会议,与科学家直接对话。如近日举办的GPB前沿研讨会就聚焦单细胞组学和新冠病毒两大主题,这也正是GPB即将推出的专辑的主题。这样的形式得到了参会者的积极评价。“期刊为推广发表的工作所付出的努力给我留下了深刻印象。”上述研讨会报告人及专辑作者、密歇根大学副教授Lana X Garmire说。

  “通过这类会议,我们希望邀请具有影响力的国内外优秀学者作学术报告,追踪学科研究前沿,推动我国基因组学研究的发展。”杨运桂说。

  坚守质量谋新篇

  GPB的下一个目标会是什么?

  于军和团队的近期目标是继续提高GPB发稿质量,将小刊做强;陆续增加发稿数量,将强刊做大;利用5年左右的时间,实现卓越,打造世界一流期刊。而长期目标则是推动我国组学、生物信息学领域科学出版事业的长远发展。

  杨运桂坦言,目前GPB优质的原创性稿件仍然偏少,且该刊面临的是与全球期刊竞争优质的研究成果。

  未来3至5年将是GPB发展的“闯关期”。“做好了,会进入国际一流;做不好,可能会昙花一现。”杨运桂与同事们时刻保持着危机感。

  这也让他们充满了干劲。“现在,我们要做的是提升杂志的投稿质量和学术声誉,如果这些都上去了,实现月刊、提升影响因子将是水到渠成的事情。”邢毅说。在他看来,GPB有一群充满热情的编委和编辑,大家群策群力,一定会让期刊进入良性循环。

  从国内整体环境看,于军表示,建设一流期刊的优劣势并存。政策环境是有利的一面。例如,2020年科技部、教育部出台科研评价的新文件,要求对论文评价实行代表作制度,国内科技期刊论文原则上应不少于1/3。“这将让GPB拥有更多国内的优质稿源。”

  不利的一面是,当前我国还缺乏促进英文科技期刊蓬勃发展的完整出版产业链。比如上游缺乏涵盖国内外期刊的大型文献资源库,下游则缺乏专业的英文文字编辑和校对人员,亟须加强专业资源和人才队伍建设。

  “做一流期刊不是一朝一夕的事,也不是一件浪漫的事,需要深刻思考,既有细致性工作,也有荡涤性工作,还可能遇到疾风暴雨甚至是生死存亡的艰巨挑战。过去走过的路告诉我们,无论如何必须要坚持,坚持就是胜利。”于军说。

  期刊简介

  《基因组蛋白质组与生物信息学报》是由中国科学院主管、中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)与中国遗传学会共同主办、爱思唯尔和中国科技出版传媒集团有限公司联合出版的开放获取英文学术期刊,被SCIE等数据库收录。2020年度影响因子为7.051,位于期刊引用报告(JCR)“遗传学与遗传性”学科领域前10%。

  (原载于《中国科学报》 2021-01-05 第1版 要闻)
打印 责任编辑:张芳丹

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